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一般而言，肺炎黴漿菌造成的症狀輕微，多數感染者可自行痊癒，不需要抗生素治療。然而，若發展為肺炎，醫師通常會開立抗生素治療，早期的介入治療可加快病人的康復。
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因為肺炎黴漿菌沒有細胞壁，許多常見的抗生素，如β-內醯胺類抗生素（beta-lactams），對它無效。
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一般建議的首選治療藥物為巨環類抗生素（macrolides），替代性藥物為氟喹諾酮類（fluoroquinolones）抗生素或四環黴素類（tetracyclines）抗生素。然而近來各國研究顯示肺炎黴漿菌對巨環類抗生素的抗藥性(macrolide resistance)有增加的情形，但疾病嚴重度無明顯差異。
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建議對於疑似感染肺炎黴漿菌之病患如須使用抗生素，請考量其年齡與臨床表徵嚴重度，並參考台灣感染症醫學會與台灣胸腔暨重症加護醫學會共同發行之「台灣肺炎診治指引」及台灣兒童感染症醫學會之「兒童社區肺炎處置建議」等國內臨床指引進行治療。病患應該遵從抗生素正確使用的規範，不隨意於藥局自行購買抗生素服用，並確實遵照醫師指示，依處方開立的劑量及時間使用抗生素。
資料來源:治療照護 - 衛生福利部疾病管制署 (cdc.gov.tw)
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